Au sortir de la Grande Guerre, alors que l'essor des hydravions de grand raid en est à ses débuts, la Marine, désireuse d’établir des escales, décide de créer des Centres d'aviation maritime supplémentaires. Au Maroc en 1919, un CAM sommaire est construit le long de la côte atlantique sur la rive gauche de l’Oued Sebou à proximité du village de Kenitra. En 1920, après une existence éphémère seulement marquée par deux raids d’hydravions, le CAM de Kenitra est désarmé. Tout au long des années 1920 des vols à longue distance à destination de l'Afrique de l'Ouest préludent aux premières traversées de l'Atlantique sud. Sur ces routes, le plan d'eau du Sebou, malgré son infrastructure sommaire, va constituer une escale privilégiée pour l’accueil des hydravions d’escadre et des grands hydravions de raids. Au début des années 1930, alors que la ville de Kenitra prend le nom de Port-Lyautey, l’installation d’une base permanente est de nouveau envisagée par la Marine. Des terrains sont acquis et de nouvelles constructions maritimes et terrestres sont lancées, et en 1939, la BAN de Port-Lyautey voit le jour. Le déclenchement de la deuxième guerre mondiale va profondément bouleverser l'existence de la nouvelle base. En 1940, encore tout juste opérationnelle, elle va accueillir les hydravions des formations repliées de métropole et de nouvelles formations basées à terre. De 1941 à 1942, elle connait une période d’activité réduite imposée par les conditions d’armistice. Choisie par les Alliés comme un objectif de conquête lors du débarquement de novembre 1942, elle est le siège de tragiques combats qui opposent les marins aviateurs, restés fidèles au gouvernement de Vichy, aux forces aéronavales américaines ; et après avoir été conquise, elle passe sous contrôle américain. À partir de 1943 elle devient la plateforme principale des opérations menées par l’US Navy contre les sous-marins allemands jusqu’à la victoire de 1945. Restituée partiellement à l'Aéronautique navale, elle renait en 1948 sous forme d’une BPAN dans un contexte de cohabitation inhabituel avec les Américains qui conservent une grande partie des moyens et installations. En 1960, quatre ans après l’indépendance du Maroc, elle devient brièvement une base école de chasse, et encore plus brièvement une école de perfectionnement au pilotage sur multimoteurs. Elle est remise aux Forces Royales Marocaines en 1962, vingt-trois ans après sa création.
